Mục đích của bào chế thuốc trong Y học cổ truyền có thể qui lại mấy điểm sau:
1. Loại trừ hoặc giảm bớt chất độc của vị thuốc:
Bán Hạ dùng sống thì gây kích thích niêm mạc cổ họng làm ngứa cổ, do đó cần bào chế với Gừng để giảm bớt tác dụng đó
Ba Đậu có độc tính gây tiêu chảy nhiều nên phải bào chế loại bỏ bớt chất dầu để giảm bớt độc tính
2. Làm thay đổi tính năng tác dụng của vị thuốc:
Sinh Địa dùng sống thì tính hàn, có tác dụng làm mát huyết
Sinh Địa chế thành Thục Địa tính hơi ấm, có tác dụng bổ huyết
3. Bỏ hết tạp chất làm cho vị thuốc sạch và tinh khiết hơn:
Qủa Kim Anh phải loại bỏ gai và hạt vì chứa chất độc.
Mạch môn phải loại bỏ tim vì tim chứa chất độc
4. Thuận tiện cho việc bảo quản, vận chuyển và bào chế các dạng thuốc phiến cao, đơn , hoàn , tán , tễ...:
các dược liệu phải bào thái, sấy khô, tán mịn hoặc sao tẩm để bảo quản hoặc gia công chế biến